1. สำนักงานเลขานุการกรม

2. กองการเงินและบัญชี

3. สำนักกฎหมายและที่ดิน

4. กองแผนงาน

5. กองพัสดุ

6. ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

7. สำนักเครื่องจักรกล

8. สำนักบริหารโครงการ

9. สำนักทรัพยากรบุคคล

10. สำนักวิจัยและพัฒนา

11. สำนักสำรวจด้านวิศวกรรมและธรณีวิทยา

12. สำนักออกแบบวิศวกรรมและสถาปัตยกรรม

13. สำนักบริหารจัดการน้ำและอุทกวิทยา

14. สำนักพัฒนาแหล่งน้ำขนาดกลาง

15. สำนักพัฒนาแหล่งน้ำขนาดใหญ่

16. สำนักจัดรูปที่ดินกลาง

17. กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร

18. กลุ่มตรวจสอบภายใน

19. กลุ่มกิจกรรมพิเศษ

20. สำนักส่งเสริมการมีส่วนร่วม

21. สำนักงานชลประทานที่ 1

22. สำนักงานชลประทานที่ 2

23. สำนักงานชลประทานที่ 3

24. สำนักงานชลประทานที่ 4

25. สำนักงานชลประทานที่ 5

26. สำนักงานชลประทานที่ 6

27. สำนักงานชลประทานที่ 7

28. สำนักงานชลประทานที่ 8

29. สำนักงานชลประทานที่ 9

30. สำนักงานชลประทานที่ 10

31. สำนักงานชลประทานที่ 11

32. สำนักงานชลประทานที่ 12

33. สำนักงานชลประทานที่ 13

34. สำนักงานชลประทานที่ 14

35. สำนักงานชลประทานที่ 15

36. สำนักงานชลประทานที่ 16

37. สำนักงานชลประทานที่ 17